Aunque Streptococcus pneumoniae sea el patógeno más comúnmente identificado en la Neumonía adquirida en la comunidad (CAP), una variedad de otros patógenos, como se ha descrito, causa neumonía en la comunidad (Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, especies de Legionella, Coxiella burnetii, Chlamydophila pneumoniae, diferentes virus, y más raras veces otros patógenos humanos tales como Nocardia spp).
Además, un número variado de microorganismos patógenos al sistema humano respiratorio puede ser adquirido en hospitales, incluyendo las bacterias resistentes a gran variedad de medicamentos, Aspergillus, Candida, etc. Pacientes immunocomprometidos, hospitalizados o no, son sobre todo susceptibles a un número alto y variado de infecciones cuyo estudio requiere una especial atención.
El mundo de otros patógenos respiratorios distintos de S. pneumoniae incluye muchos patogenos importantes como virus, Legionella pneumophila, Coxiella burnetii, Nocardiae o Fungus. Y el estudio de tres poblaciones en quien todos los microorganismos mencionados con anterioridad, pueden potencialmente estar implicados expresamente en pacientes con: broncoestasia, inmunosupresión y EPOC
