- El Consejo Rector, máximo órgano de gobierno y administración del centro.
- El Comité de Dirección, órgano ejecutivo que organiza y coordina la actividad científica. Está formado por los siguientes miembros del CIBERES: director Científico, Dr. Alvar Agustí; subdirector Científico, Dra Cristina Casals y Dr. Joaquim Gea; gerente, Paloma Vaquer; coordinador de Docencia, Dr. Joan Albert Barberà y 9 coordinadores de los Programas Corporativos de Investigación (PCI):
- PCI de Asma, Dra. Victoria del Pozo
- PCI de Apneas del Sueño, Dr. José M. Montserrat
- PCI de Cáncer de Pulmón, Dr. Francisco del Pozo
- PCI de EPOC, Dr. Borja G. Cosío
- PCI de Fibrosis Pulmonar, Dr. Antoni Xaubet
- PCI de Lesión Pulmonar Aguda, Dr. Andrés Esteban
- PCI de Neumonía, Dr. Antoni Torres
- PCI de Nuevas Dianas Terapéuticas, Dr. José A. Bengoechea
- PCI de Tuberculosis, Dr. Vicente Ausina
- La Oficina Central, dirigida por Paloma Vaquer, ofrece el soporte administrativo y de gestión del centro.
- El Consejo Científico Externo, formado por un presidente, Dr. Bartolomé Celli (Bostón, USA) y 5 vocales: Antonio Azueto (Texas, USA), Prof. Kenneth BM Reid (Oxford, United Kingdon); Prof. Michael S. Niederman (New York, USA) y Prof. James R. Jett (Minnesota, USA).
